Los ríos de Honduras se agrupan en dos vertientes costeras y la subvertiente interior del río Lempa. La vertiente del Caribe y la delGolfo de Fonseca. Los ríos de Honduras que desembocan en elmar Caribe son: Chamelecón, Ulúa, Aguán, Lean, Tinto o Negro, Patuca, Segovia entre otros. En el océano Pacífico terminan por desembocar los ríos Choluteca, Negro, Lempa, Goascorán, y el Nacaome. Los ríos que desembocan en el Caribe son los más extensos y caudalosos del país. El Coco o Segovia tiene 550 km de longitud y cubre una cuenca de 5.786 km². Enla subvertiente del río Lempa que sirve de frontera con la república de El Salvador del cual es su principal río.

Mientras tanto el Patuca, con sus 500 km de longitud cubre la cuenca más extensa (24.695 km²). El segundo en importancia es el Ulúa, cubriendo una cuenca de 21.964 km² con una longitud de 300 kilómetros de longitud. Los otros gigantes del país son el Chamelecón con 200 km de largo, el Tinto o Negro con 215 km y el Aguán que con sus 225 km de longitud cubre una cuenca de más de 10.000 km². Otros ríos no menos importantes de la vertiente del Caribe hondureño son: Río Plátano, Cangrejal, Cuyamel y Motagua.

Los principales ríos de la vertiente del Golfo de Fonseca son pocos, pequeños, y menos caudalosos en comparación a los del Caribe. El más largo es el río Choluteca que recorre 250 km cubriendo una cuenca de más 7500 km² y una superficie agrícola de 2132 km². Luego le sigue, el río Goascorán con 115 km de largo, cubriendo una cuenca de 1920 km². El Nacaome tiene 90 km de largo y el río Negro 85 km de longitud. Las subvertiente del río Lempa está conformada entre otros por el río Tepemechin, Guajarambala, Sumpul entre otros.

Por otro lado; el Lago de Yojoa es el único lago natural de Honduras. Este lago se encuentra entre los departametos de Cortés, Santa Bárbara y Comayagua situado a 650 msnm. El lago abarca un área de aproximadamente 90 km² y un perímetro de 50 kilómetros, con los cuales cubre la cuenca Río Lindo-Yojoa de 330 km².¹⁹ Además se ha desarrollado el único lago artificial del país como producto del embalse del río Humuya o Comayagua conforma la represa hidroeléctrica "Francisco Morazán".

Honduras también cuenta con diversas lagunas; siendo las más importantes y de gran extensión, en el litoral Atlántico tenemos: La Laguna de Caratasca, Brus, Ébano y Cris. Otras lagunas de menor extensión son: Laguna de Alvarado localizada en Puerto Cortés, Ticamaya al norte de San Pedro Sula, Laguna Quemada y Toloa ambas localizadas en el departamento de Atlántida, así como la laguna de Guaymoreto en Colón, y Jucutuma en La Lima, departamento de Cortés.